Volgens mij is dat bij heel veel pakketten. Die updaten niet file voor file, maar soms hele folders met inhoud.
Synology heeft wel een speciale methode om eigen postfix aanpassingen toe te voegen. Alles wat in "/var/packages/MailServer/etc/customize/postfix/main.cf" staat, wordt bij aanpassingen van de gewone main.cf via de GUI, achter deze config geplakt. Daardoor hoef je niet in de config zelf te editten. En volgens mij overleeft dit wel een update.
Deze file en folder struktuur moet je zelf aanmaken. Het werkt ook voor MailServerPlus. Maar omdat Synology dit nergens geducumenteerd heeft, weet ik niet hoe goed ze dat blijven ondersteunen. Ik weet ook niet of dit ook voor andere config files werkt. Ik ben vaker op zoek gegaan naar het script die dat doet, maar nooit kunnen vinden. (Staat waarschijnlijk in een gecompileerd script)